Portrait par Simon Charles Miger d’après Charles-Nicolas Cochin
Bibliothèque Nationale de France
En 1748, facteur d’orgue et de clavecin, et également organiste, son père Jean-Baptiste Beauvarlet dit Charpentier, est organiste de l’Hôpital de la Charité.
En 1761, Jean-Jacques devient l’organiste du Concert de l’Académie des Beaux-Arts de Lyon où il acquiert sa réputation de virtuose, et succède à son père, décédé en 1763, à l’orgue de l’Hôpital de la Charité,
De passage à Lyon, de mars à mai 1771, Jean-Jacques Rousseau fit la connaissance de Jean-Jacques Beauvarlet dit Charpentier qui jouissait alors « d’une grande célébrité dans la seconde capitale de la France ». On raconte qu’un jour, ayant, comme à son ordinaire, électrisé son pieux auditoire, un de ses admirateurs, qui se trouvait placé près de Jean-Jacques Rousseau, se tournant du côté du grand écrivain, lui demanda ce qu’il pensait de l’organiste. « Ce que je pense, répondit Jean-Jacques Rousseau, c’est qu’il a trop de talent pour qu’il vous reste ». Effectivement, peu de temps après, Beauvarlet dit Charpentier quitta Lyon pour la capitale où l’archevêque de Lyon, Antoine de Malvin de Montazet, membre de l’Académie Française, s’était engagé à lui procurer une place avantageuse.
Il fut rapidement considéré, à Paris, comme l’un des meilleurs organistes français. En 1790, il cumulait trois tribunes majeures, à l’abbaye royale de Saint-Victor-des-Champs, à la paroisse Saint-Paul et à la cathédrale Notre-Dame de 1783 jusqu’en 1793, à la suppression des cultes.
Son départ forcé de Saint-Paul et de Saint-Victor, et la destruction des orgues lui causèrent un chagrin extrêmement profond et sa santé déclina rapidement. Il mourut à Paris, le 6 mai 1794.
Compositeur talentueux, il fut l’auteur de nombreuses œuvres, et notamment, d’un Journal d’orgue à l’usage des paroisses et des communautés religieuses (1784-1785), qui connut un beau succès.